La Sede Quito es un área funcional del nivel académico – administrativo que con una estructura de soporte conformada por la Comisión Académica de la sede, la Comisión de Investigación y/o Vinculación con la Sociedad, las Coordinaciones de los Campus y las correspondientes direcciones de Escuelas y Carreras, así como una unidad para los servicios y personal de apoyo. Establece relaciones con las áreas del rectorado y los vicerrectorados.

El Director de la sede tiene bajo su responsabilidad la dirección de las funciones desconcentradas en los ámbitos academia, investigación, vinculación y gestión administrativa de la Sede, en cumplimiento de las políticas y lineamientos institucionales emanados del Consejo Académico Superior y del Rector/a, de acuerdo a las funciones señaladas en el Estatuto Institucional y su Reglamento General.

La Sede Quito aloja funcionarios académicos y administrativos que tienen funciones de dirección de procesos y áreas funcionales del nivel jerárquico de la función matriz, entre ellos el Departamento de Planificación Institucional y Calidad, el Departamento de Tecnologías Informáticas, la Dirección del CRAI, el Departamento de Bienestar Estudiantil, las Direcciones de Investigación e Innovación y Vinculación con la Sociedad; así como la Coordinación del cuerpo de asesores del Vicerrectorado académico. Esta estructura rompe con la conformación de las estructuras matriciales y de las facultades de la universidad convencional.